Prace projektowe, związane z uruchomieniem banku, rozpoczęły się we wrześniu 2007. 18 kwietnia 2008 włoska grupa Carlo Tassara uzyskała zezwolenie Komisji Nadzoru Finansowego na utworzenie Alior Banku. 1 września 2008 Alior Bank SA otrzymał zezwolenie Komisji Nadzoru Finansowego na rozpoczęcie działalności. 17 listopada 2008 r. Alior Bank rozpoczął działalność operacyjną

14 grudnia 2012 r. Bank zadebiutował na warszawskiej Giełdzie Papierów Wartościowych, przeprowadzając największą ofertę publiczną prywatnej spółki w historii GPW o łącznej wartości 2,1 mld zł. 21 marca 2014 r. akcje Alior Banku zostały włączone do indeksu WIG20, skupiającego dwadzieścia największych i najbardziej płynnych spółek notowanych na warszawskim parkiecie. 19 lutego 2015 r. Alior Bank nabył 12 382 746 akcji Meritum Bank ICB, reprezentujących 97,9 proc. kapitału zakładowego oraz 95 proc. ogólnej liczby głosów na walnym zgromadzeniu Meritum, za kwotę 352,5 mln zł.

W maju 2015 r. grupa kapitałowa Powszechnego Zakładu Ubezpieczeń (PZU) podpisała umowę na zakup 25,26% kapitału zakładowego Alior Banku za kwotę 1,635 mld zł. Transakcja została sfinalizowana w trzech transzach. 30 czerwca 2015 r. nastąpiła fuzja prawna Alior Banku i Meritum Banku, a 26 października 2015 r. fuzja operacyjna. Połączony bank działa pod nazwą prawną Alior Bank SA.

W lutym 2016 r. Narodowy Bank Rumunii zarejestrował oddział Alior Banku jako zagraniczną instytucję kredytową. 4 listopada 2016 r. do Alior Banku SA włączono wydzieloną część Banku BPH SA. 25 marca 2017 roku przeprowadzono tzw. fuzję operacyjną.